Если предприниматель, арендует помещение у физического лица, то удержать НДФЛ с арендной платы должен именно он. Дело в том, что в таком случае предприниматель является налоговым агентом. Это следует из норм п. 1 и п. 2 ст. 226 Налогового кодекса Российской Федерации.
А правомерен ли при этом такой вариант, что гражданин заполняет декларацию по форме 3-НДФЛ и уплачивает налог самостоятельно?
Если кодекс обязывает предпринимателя выполнять функции налогового агента, то он должен следовать именно этому порядку. А именно: исчислять, удерживать и перечислять НДФЛ в бюджет, а также отчитываться об этих суммах в инспекцию. Такие разъяснения привели специалисты Минфина России в письме от 20.07.2012 г. № 03-04-05/3-889.

Заместитель начальника ИФНС России по г. Сургуту
Ханты-Мансийского автономного округа – Югры
Александр Сергеевич Егоров